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表面微生物污染的檢查需要使用接觸器或拭子，獲得某表面某時間點的微生物數量。
接觸器以容器內已知面積的固態培養介質與表面接觸，接觸面積應大于20cm2，均勻用力將整個營養介質壓住表面幾秒鐘，不得移動。然后將裝置放回容器內，再清潔采樣表面，清除殘留營養物。接觸器培養后顯現的菌落可以給出原表面微生物的存活狀況的鏡像“圖"。
使用拭子更為簡單和靈活，用拭子擦拭某個表面，它抹去的微生物數量就可以計算出了。對接觸裝置觸及不到的、不平或有凹陷的非吸收性大表面，用拭子采樣特別方便。棉拭子的操作方法如下：
準備材料：自制無菌棉拭子或購買商品化的無菌棉拭子、內徑10cm×10cm無菌規格板、無菌生理鹽水、培養基平皿。
如果取樣物體是平面的，將無菌規格板放在物體表面，用浸濕的無菌棉拭子在無菌規格板空心處橫豎涂抹均勻，涂抹時隨之轉動棉拭子，剪去棉拭子與手接觸部分，將棉拭子放入裝有一定體積的無菌生理鹽水中待檢。
將采樣管敲打80次以上是棉拭子上的細菌充分擴散，做適當稀釋，進行平板計數，37℃培養48h計數。
細菌總數（CFU/cm2）=（平皿上菌落平均數×稀釋倍數）/采樣面積（cm2）
